ずっと先の未来…もしくは、それよりさらに過去のこと――― 宇宙には多くの惑星があり、その1つ1つに様々な生命が生きている。 最先端の技術を有する地球を中心に宇宙では盛んな星間交流が行われ、惑星間では豊かな経済社会が築かれていた。 …しかし、その富を狙い犯罪行為に走る者たち―――宇宙海賊が台頭し始める。 これを各惑星が許すわけもなく、地球政府を中心に厳しく取り締まりを行っていた。
そして、正に今も2隻の宇宙船が追走劇を繰り広げている。 1隻は漆黒の宇宙海賊船「バハムート」、もう1隻は純白の宇宙戦艦「リヴァイアサン」だ。 膠着状態のスペースチェイスの最中、突如として巨大生物「スペースクラーケン」が姿を現した。 乱入者の強襲により、2隻の宇宙船は近くの惑星に不時着を果たす。 不時着した惑星を脱出するため、一時停戦を結ぶ宇宙海賊と宇宙海軍の面々。
損傷の少ない「バハムート」を修理し、脱出を目指す…が、惑星中に悲鳴が響き渡る。 全員がその声の元に集まると…宇宙海軍所属の「船医」が血だまりの中で発見された。
これは、宇宙を翔ける4人の宇宙海賊と4人の宇宙海軍の物語