水面が上昇して陸地が減り、居住可能な陸地がなくなりつつある未来。世界の国々は一つとなり、人類政府が政治を執り行っている。そんな人類政府のもとで人類は水中に居住地を求め、水中探査に精を出している。 未だ無人・有人潜水艦で未達の水深1万メートルを目指し、チャレンジャー海淵へと、潜水艦「ディープ・エフォート号」と乗組員たちは挑むのだった。 深く潜るごとに、船内の緊張は高まっていく。超深海海溝と呼ばれる深海6000メートルに達した時点で、事件は起きた。

船長のアルフォンスが殺されたのである。

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