表向きは何の変哲もないショコラ・ブティックだが、その実態は女王陛下のもと諜報部員として任務遂行する6つ子の組織、『SIX SPICES(シックス・スパイセズ)』。 そこにとある富豪から一通の招待状が届く。『黄金のカカオ豆』を売りたい、と。 この世界ではチョコレートが大ブームだが、本物のカカオマツが普通には手に入らなくなり、世界中のチョコレート会社がフラッグショコラ社から、原材料の代替カカオマツを買っている。『黄金のカカオ豆』はダイヤモンドより高級と言われる本物のカカオマツが取れるとされる幻のカカオ豆。 本当に本物が存在するのか? その真偽を確かめつつ、その出どころと裏にいると思われる組織の情報を探るため、あやしいと思いつつその招待を受けてパーティーに向かう6つ子たち。
だがそこで、とある殺人事件に巻き込まれるのであった―…。